1、發票的印制要求不同：根據新的《稅收征管法》第二十二條規定：增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票，按照國務院主管部門的規定，分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2、發票使用的主體不同：增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批準后由當地的稅務機關代開；普通發票則可以由從事經營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
3、發票的內容不同：增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
4、發票的聯次不同：增值稅專用發票有四個聯次和七個聯次兩種，第一聯為存根聯（用于留存備查），第二聯為發票聯（用于購買方記賬），第三聯為抵扣聯（用作購買方扣稅憑證），第四聯為記賬聯（用于銷售方記賬），七聯次的其他三聯為備用聯，分別作為企業出門證、檢查和倉庫留存用；普通發票則只有三聯，第一聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。
5、發票的作用不同：增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
